Kotflora-Analyse beim Hund: Was der Befund über die Darmflora zeigt

Der Befund ist da. Auf mehreren Seiten stehen lateinische Namen, Zahlen mit kleinen Hochzahlen und daneben Pfeile nach oben oder unten, und ein paar Zeilen sind farbig markiert. Du liest das Blatt dreimal und weißt danach weniger als vorher. Ist das jetzt schlimm? Muss ich etwas geben? Und warum stehen da Pilze?

Wenn eine Halterin mit so einem Blatt zu mir kommt, frage ich zuerst ganz schlicht: „Okay, wo hast du die denn machen lassen?“ Bevor ich einen einzigen Wert deute, muss ich wissen, welches Verfahren dahintersteckt und was das Labor überhaupt gemessen hat. Erst dann lohnt sich der Blick auf die einzelnen Zeilen.

In diesem Artikel erkläre ich dir, was eine Kotflora-Analyse untersucht, wie ein Befund aufgebaut ist und was Bakterien, Pilze und der Säuregrad dir über den Zustand des Mikrobioms sagen können. Und ich erkläre dir, warum für mich kein Wert allein zählt, sondern immer das, was dein Hund dazu zeigt.

Was eine Analyse der Kotflora beim Hund untersucht

In deinem Hund lebt eine riesige Gemeinschaft von Mikroorganismen, vor allem Bakterien, aber auch Hefen und andere Pilze. Zusammen bilden sie die Darmflora, auch Darmmikrobiom genannt, und die meisten dieser Darmbewohner leben im letzten Abschnitt des Verdauungstrakts. Ein Teil von ihnen wird mit dem Kot ausgeschieden. Genau hier setzt die Kotflora-Analyse an.

Im Labor wird ein Teil der Kotprobe auf Nährböden gegeben. Die noch lebenden Mikroorganismen wachsen darauf an und werden anschließend gezählt und bestimmt. Fachleute nennen das Anzucht oder Kultur. Untersucht werden zwei große Gruppen: die aeroben Bakterien, die Sauerstoff vertragen, und die anaeroben, die ohne Sauerstoff leben. Einige, wie Escherichia coli, sind fakultativ anaerob und kommen mit und ohne Sauerstoff zurecht. Zusätzlich werden Hefen und Schimmelpilze bestimmt und der pH-Wert gemessen.

Die Anzucht hat jedoch ihre Grenzen. Viele Bakterienarten im Dickdarm vertragen keinen Sauerstoff und wachsen auch im Labor nur schwer oder gar nicht. Was auf dem Befund steht, ist deshalb ein Ausschnitt aus der Zusammensetzung der Darmflora und kein vollständiges Bild. Was das für die Aussagekraft bedeutet, habe ich in meinem Artikel über die gestörte Darmflora ausführlich beschrieben.

Selten wird die Kotflora allein untersucht. Meist kommen weitere Parameter dazu, beispielsweise zur Verdauung oder zur Darmschleimhaut. Welche das sind, erkläre ich dir weiter unten. Wie du die Probe dafür richtig sammelst und welche Präparate vorher abgesetzt werden müssen, liest du in meinem Artikel zur Kotprobe.

Welcher Darmflora-Test auf deinem Befund steht

Nicht jeder Darmflora-Test ist eine Anzucht. Manche Labore lesen stattdessen die Erbsubstanz der Mikroben, meist über PCR oder eine Sequenzierung. Damit lassen sich auch Arten erfassen, die im Labor nicht wachsen, etwa Faecalibacterium, Blautia oder Clostridium hiranonis. Auf solchen Befunden tauchen dann auch Namen großer Bakteriengruppen wie Proteobacteria, Actinobacteria oder Fusobacterium auf. Am Ende steht oft eine einzige Zahl, ein Index.

Du erkennst das Untersuchungsverfahren an der Einheit. Eine Anzucht nennt die Keimzahl pro Gramm Kot, abgekürzt KbE/g (koloniebildende Einheiten). Ein DNA-Befund nennt Mengen an Erbsubstanz und häufig einen Index. Weil beide Verfahren verschiedene Dinge messen, kannst du ihre Werte nicht nebeneinanderlegen, auch nicht, wenn beide Labore Kotproben von Hund und Katze untersuchen und die Befunde auf den ersten Blick ähnlich aussehen.

Viele Befunde, die Halterinnen zu mir mitbringen, beruhen auf einer Anzucht, und um diese Befunde geht es hier. Was ein Index aus einem DNA-Verfahren über die Darmmikrobiota aussagt, liest du in meinem Artikel zur Dysbiose.

Wie ein Befund zur Darmflora deines Hundes aufgebaut ist

Keimzahlen und Richtwerte

Jede Zeile auf dem Befund nennt eine Bakteriengruppe und daneben eine Zahl mit Hochzahl, zum Beispiel 10⁶ oder 10⁸. Gemeint ist die Zahl der Keime pro Gramm. 10⁶ steht für eine Million, 10⁸ für hundert Millionen. Jede Stufe nach oben bedeutet also zehnmal so viele.

Daneben steht ein Richtwert, also der Bereich, den das Labor als unauffällig ansieht. Liegt ein Wert darunter oder darüber, wird er markiert, als „vermindert“ oder „vermehrt“, mit einem Pfeil oder in Ampelfarben. Das liest sich sehr genau. Das Labor, mit dem ich zusammenarbeite, schreibt jedoch selbst auf seine Befunde, dass die Richtwerte einer groben Einordnung dienen und die Werte für jedes Tier zusammen mit seinen Symptomen gedeutet werden. Die Richtwerte sollen Orientierung geben, sie fällen kein Urteil.

Für dich heißt das: Ein markierter Wert ist ein Hinweis, dem man nachgeht. Ob er etwas mit den Beschwerden zu tun hat, zeigt sich erst im Zusammenhang. Ein Pfeil nach unten bei einem fitten Hund, der gut frisst und geformte Haufen absetzt, bedeutet etwas anderes als derselbe Pfeil bei einem Hund, der seit Monaten mit weichem Kot und Blähungen kämpft.

Die Bakteriengruppen auf dem Befund und wie sie zusammenwirken

Auf einem typischen Befund ist die Flora in Blöcke geteilt. Die Namen wirken fremd, aber hinter jedem Block steckt eine einfache Frage.

Viele Clostridien gehören übrigens zu einer großen bakteriellen Gruppe, den Firmicutes, und erfüllen ganz normale Aufgaben. Nicht alles, was einen bekannten Namen trägt, ist pathogen, also krankmachend.

Wichtiger als jede einzelne Zeile ist das Verhältnis der Gruppen zueinander. Die Bakterien leben nicht nebeneinander her. Sie konkurrieren um Nahrung und Platz, und manche leben von dem, was andere ausscheiden. Geht eine Gruppe stark zurück, entsteht Platz für andere. Was am Ende des Verdauungstrakts ankommt, bestimmt außerdem mit, wer sich vermehrt: Kommen viele Ballaststoffe an, haben die Vergärer Futter. Kommt hingegen viel unverdautes Eiweiß an, profitieren die Eiweißabbauer.

Deshalb betrachte ich einen Befund nie Zeile für Zeile, sondern als Ganzes. Ich frage auch immer, was im Napf liegt und was davor auf dem Weg durch den Verdauungstrakt passiert ist. Mein Ziel ist ein Gleichgewicht und nicht eine einzelne Zahl, die wieder im grünen Bereich steht.

Pilze und Hefen auf dem Befund

Viele Halterinnen erschrecken, wenn sie erfahren, dass Pilze auf dem Befund stehen. Dabei gehören Hefen wie Candida zur normalen Besiedlung. In einer genetischen Untersuchung an 19 Hunden fanden sich Pilze in den Proben aller Tiere, und Candida war die häufigste Gattung, bei gesunden Hunden genauso wie bei Hunden mit Diarrhoen (Foster et al., 2013).

Ein Nachweis allein ist also kein Grund zur Behandlung. Liegt der Wert über dem Richtwert, stelle ich zwei Fragen: Was ermöglicht den Pilzen dieses Wachstum, und passt es zu den Symptomen? Eine Studie, die festlegt, ab welcher Menge behandelt werden muss, gibt es bisher nicht. Ich richte mich deshalb nach dem Richtwert des Labors und werte ihn immer zusammen mit den Symptomen aus.

Was der pH-Wert im Kot verrät

Der Säuregrad zeigt, ob die Probe eher sauer oder eher basisch ist. Wenn die Bakterien viele Ballaststoffe vergären, entstehen Säuren, und der Wert sinkt. Wenn dagegen viel Eiweiß abgebaut wird, entstehen basische Stoffe, und er steigt. Er sagt also etwas über das Milieu, in dem die Flora lebt, und darüber, was am Ende des Verdauungstrakts ankommt. Deshalb verändert er sich auch, wenn sich das Futter ändert.

Auf den Befunden, mit denen ich arbeite, gilt ein Wert zwischen 6,0 und 7,5 als Normbereich. Einen allgemein gültigen Normbereich für Hunde hat die Forschung bisher jedoch nicht festgelegt. Ich lese diesen Wert deshalb nie allein, sondern zusammen mit der Flora und den Verdauungswerten.

Histaminbildner

Manche Befunde weisen zusätzlich Histaminbildner aus. Das sind Bakterien wie Proteus oder Klebsiella, die aus einem Eiweißbaustein Histamin bilden können. Weil nicht jeder Stamm dazu in der Lage ist, ist ihr Nachweis allein noch kein Beweis für eine Histaminbildung. Ob ein solcher Befund Beschwerden erklärt, wurde bisher kaum untersucht. Ich nehme ihn als Hinweis, dem man nachgehen kann, und lege ihn neben alles andere.

Weitere Werte der Kotuntersuchung neben der Flora

Eine Kotflora-Analyse kommt selten allein. In den meisten Kotprofilen stecken weitere Parameter, und für mich gehören sie zum Befund dazu. Ich greife jeden Wert auf, der auf dem Blatt steht, auch einen, der noch im Normbereich liegt, wenn er zu dem passt, was dein Hund zeigt.

• Verdauungsrückstände. Hier wird gemessen, wie viel Fett, Stärke und Eiweiß unverdaut ankommt. Viel Fett kann darauf hinweisen, dass die Fettverdauung nicht rund läuft. Auch ein Wert knapp im Normbereich ist für mich ein Hinweis, wenn dein Hund dazu weiche, glänzende oder auffallend große Haufen absetzt.
• Pankreas-Elastase. Die Elastase sagt etwas über die Bauchspeicheldrüse aus, die die Enzyme liefert, mit denen Eiweiß, Fett und Kohlenhydrate aufgespalten werden. Ein niedriger Wert ist ein Hinweis, aber keine Diagnose, denn er kann auch bei gesunden Hunden niedrig ausfallen. Zuverlässiger ist der cTLI-Wert im Blut. Die Frage an die Tierarztpraxis lautet deshalb: Soll der Verdacht einer exokrinen Pankreasinsuffizienz, also einer zu geringen Enzymbildung, über das Blut abgeklärt werden?
• Gallensäuren. Sie werden in der Leber gebildet, für die Fettverdauung gebraucht und normalerweise größtenteils wieder aufgenommen. Finden sich große Mengen davon in der Probe, geht auf diesem Weg etwas verloren. Bei Hunden mit chronisch weichen Haufen ist das einer der Werte, die ich mir ansehe, bevor ich über Futter rede.
• Zonulin. Es wird als Marker für die Durchlässigkeit der Darmbarriere bestimmt. Ein hoher Wert ist ein Hinweis, aber kein Beweis. Ich werte ihn zusammen mit den Blutwerten und der Vorgeschichte aus. Was er zeigen kann und was nicht, steht in meinem Artikel über Zonulin.
• Sekretorisches IgA. Es ist ein Bestandteil der Immunabwehr in der Darmschleimhaut. Der Wert zeigt, wie das darmeigene Immunsystem gerade reagiert.
• Entzündungsmarker wie Calprotectin, PMN-Elastase oder Lysozym. Sie geben Hinweise darauf, ob die Schleimhaut entzündet ist.

Befunde, bei denen viele Halterinnen erschrecken

Clostridien auf dem Befund

Diese Bakteriengruppe ist groß, und viele ihrer Vertreter gehören zur normalen Darmflora. Steht Clostridium perfringens auf dem Befund, ist der Schreck trotzdem oft groß, weil der Name nach einer Lebensmittelvergiftung klingt. In zwei Studien wurde C. perfringens in der Anzucht bei 71 bis 84 Prozent gesunder Hunde nachgewiesen (Weese et al., 2001; Goldstein et al., 2012). Krank macht C. perfringens vor allem über ein Gift, das Enterotoxin. In der ersten der beiden Studien fand es sich bei 5 Prozent der gesunden Hunde und bei 28 Prozent der Hunde mit Durchfall.

Dass diese Gruppe auf dem Befund steht, sagt also allein noch nichts. Ich schaue darauf, in welcher Menge sie vorkommt, wie sie sich zur übrigen Flora verhält und was dein Hund dabei zeigt. Ist die Menge erhöht und passt das Bild dazu, ist das für mich ein Ansatzpunkt. Ob zusätzlich ein Toxinnachweis sinnvoll ist, entscheidet die Praxis anhand der Beschwerden.

Zu wenige Laktobazillen oder Bifidobakterien

Ein Pfeil nach unten bei den Laktobazillen löst bei vielen sofort den Gedanken aus: „Dann muss ich die eben zufüttern.“ Mir ist jedoch keine Studie bekannt, die zeigt, dass ein niedriger Laktobazillen-Wert beim Hund zu Beschwerden führt oder dass das Zufüttern den Wert dauerhaft erhöht. Ein Pfeil nach unten ist deshalb erst einmal eine Zahl auf dem Papier.

Für mich ist er kein Auftrag, ein Probiotikum zu kaufen, sondern eine Frage: Passt er zum übrigen Befund und zu den Beschwerden? Und was könnte diese Gruppe zurückgedrängt haben? Ein Präparat auf Verdacht verändert außerdem jeden späteren Befund, und dann weiß niemand mehr, was gewirkt hat.

Wenn auf dem Befund das Wort Dysbiose steht

Manche Labore fassen das Ergebnis in einem Wort zusammen, das ein Ungleichgewicht der Flora bezeichnet. Dieses Wort beschreibt einen Zustand, aber keine Krankheit, und es sagt nichts darüber aus, woher das Ungleichgewicht kommt. Was es bedeutet und warum sehr oft etwas anderes dahintersteckt, erkläre ich dir in meinem Artikel über die gestörte Darmflora.

Wann ein Befund verzerrt sein kann

Ein Kotflora-Befund ist eine Momentaufnahme. Was in den Wochen vor der Probe passiert ist, kann ihn so verschieben, dass er wenig mit dem zu tun hat, was dein Hund sonst zeigt. Das betrifft vor allem diese Situationen:

• Eine Antibiotikabehandlung in den Wochen davor. Ein Antibiotikum, das dein Hund braucht, ist richtig, und es wird nie eigenmächtig abgesetzt oder verkürzt. Für den Befund bedeutet das jedoch: Nach einer Behandlung mit Metronidazol war die Flora gesunder Hunde vier Wochen nach dem Absetzen noch nicht wieder im Ausgangszustand (Pilla et al., 2020). Ich lasse deshalb frühestens drei Wochen nach der letzten Gabe untersuchen. Wie sich die Flora danach erholt, erfährst du in meinem Artikel zur Darmflora nach Antibiotika.
• Ein Futterwechsel. Nach einer plötzlichen Futterumstellung veränderte sich die Flora gesunder Hunde innerhalb weniger Tage und stabilisierte sich erst nach etwa sechs Tagen auf einem neuen Stand (Lin et al., 2022). Eine Probe, die mitten in der Umstellung entnommen wird, zeigt die Umstellung, nicht deinen Hund.
• Präparate und Medikamente. Probiotika, Präbiotika und manche Ergänzungen verändern das Ergebnis, ebenso Medikamente, die die Magensäure senken. Welche Fristen gelten, steht im Artikel zur Kotprobe. Ein verordnetes Medikament setzt du nie eigenmächtig ab, sondern schreibst es mit Datum auf den Begleitschein.

Deshalb gehört zu jedem Befund die Frage, was in den Wochen davor los war. Diese Angaben sind für mich keine Formalie, sondern die Hälfte der Auswertung.

Was eine Kotflora-Analyse nicht zeigt und warum sie keine Diagnostik ersetzt

• Den Dünndarm. Was in der Probe landet, bildet vor allem den Dickdarm ab. In einer Studie mit 22 Beagles wurden Proben aus dem oberen Darm und Kot desselben Hundes parallel angezüchtet. Viele Arten fanden sich nur in einer der beiden Proben, und die Autoren schließen daraus, dass Kotproben die Flora des oberen Darms nicht abbilden (Mentula et al., 2005). Beschwerden, die dort entstehen, können deshalb einen unauffälligen Kotflora-Befund haben.
• Die Ursache. Ob ein Ungleichgewicht die Beschwerden auslöst oder selbst die Folge einer Entzündung, eines Medikaments oder einer schwachen Verdauung ist, geht aus keinem Befund hervor. Das lässt sich nur klären, wenn man den ganzen Hund betrachtet.
• Darmparasiten, Giardien und Viren. Würmer und deren Eier sowie einzellige Parasiten, die Protozoen, werden mit einer eigenen parasitologischen Untersuchung gesucht. Dafür wird die Kotprobe mikroskopisch nach Parasiteneiern und anderen Stadien durchsucht. Für Giardien, einen der häufigsten dieser Einzeller, gibt es einen eigenen Test. Ob Erreger wie Salmonellen oder Campylobacter gezielt gesucht werden, hängt vom Auftrag ab, den die Praxis auf dem Begleitschein ankreuzt. Eine Parvovirose oder eine Infektion mit dem Coronavirus des Hundes findet eine Kotflora-Analyse nicht. Bei Verdacht darauf, besonders bei jungen Tieren mit blutigem Durchfall und Erbrechen, gehört dein Hund sofort in die Praxis.
• Eine Diagnose. Bei länger anhaltenden Beschwerden empfiehlt die internationale Leitlinie von 2026 zuerst ein Blutbild, die Untersuchung der Organwerte, des Vitamin-B12-Spiegels und eine parasitologische Kotuntersuchung (Heilmann et al., 2026). Eine Kotflora-Analyse ersetzt diese tierärztliche Diagnostik nicht. Sie ergänzt sie um einen Blick auf die Flora, und genau dafür ist sie da.

Akute oder chronische Beschwerden? Wann ist eine Kotflora-Analyse beim Hund sinnvoll?

Bei akuten Beschwerden wie plötzlichem Durchfall, Erbrechen oder Blut im Kot steht sie nicht am Anfang. Dann geht es zuerst um Erreger und Parasiten. Bei einem Welpen, einem geschwächten Hund oder sichtbarem Blut wartest du damit keinen Tag, sondern fährst in die Praxis.

Sinnvoll wird sie bei chronischen Beschwerden, die über Wochen oder Monate kommen und gehen: weicher Kot, Blähungen, Grasfressen, ein Hund, der trotz gutem Futter nicht richtig zunimmt oder immer wieder Tage hat, an denen nichts geht. Zusammen mit den Verdauungswerten kann sie dann zeigen, wo man ansetzen kann, vorausgesetzt, die klinische Basisuntersuchung in der Praxis ist erfolgt.

Beim beschwerdefreien Hund zeigt sie meist nur, was du bereits weißt: dass es ihm gut geht. Für dieses Ergebnis würde ich kein Geld ausgeben. Auch nach einer Antibiotikabehandlung ist sie kein Muss. Wenn dein Hund danach stabil ist, braucht es keine Kontrolle der Flora. Bleiben die Beschwerden bestehen, kann sie nach der Wartezeit Teil der Abklärung sein.

Was nach dem Befund kommt, und warum ich gezielt ansetze

Der häufigste Schritt nach einem Kotflora-Befund ist der Griff zum Präparat. Hier fehlen Laktobazillen, also kommt ein Probiotikum, dort stehen Pilze, also kommt etwas gegen Pilze. Ich verstehe das gut. Wer einen Befund in der Hand hält, möchte endlich etwas tun können. Nur behandelt man auf diese Weise die Zeile und nicht den Hund.

Ich gehe anders vor. Ich lege den Befund neben die Beschwerden deines Hundes, neben sein Futter, seine Medikamente, seine Blutwerte und neben alles, was er schon hinter sich hat. Erst wenn sich daraus ein Bild ergibt, entscheiden wir, wo wir gezielt ansetzen. Manchmal ist der wichtigste Wert einer, der kaum auffällt. Und manchmal steht der auffälligste Wert nur deshalb da, weil vor zwei Wochen das Futter gewechselt wurde.

Wenn du deinen Befund besprechen möchtest, bringe am besten Folgendes mit:

• den vollständigen Befund mit allen Seiten
• was dein Hund in der Zeit vor der Probe gefressen hat, auch Leckerlis und Kauartikel
• alle Medikamente und Präparate mit Datum
• eine Notiz, wie die Haufen in den letzten zwei Wochen aussahen, zum Beispiel in deinem Hundetagebuch

Gib bis dahin nichts auf Verdacht. Du verlierst dadurch nichts, aber du behältst einen Befund, der deinen Hund zeigt.

Häufige Fragen (FAQ) zur Kotflora-Analyse und zu Kotuntersuchungen

Wie lange dauert es, bis das Ergebnis der Kotflora-Analyse vorliegt?

Bei meinem Labor liegt der Befund meist nach sieben bis zehn Tagen vor. Damit die Probe nicht über das Wochenende in der Post liegt, nimmst du sie am besten an einem Montag oder Dienstag und schickst sie am selben Tag los.

Wie alt darf die Probe sein, und braucht es Sammelkotproben?

Höchstens 24 Stunden, denn für die Anzucht muss in der Probe noch alles leben. Für die Kotflora-Analyse braucht es keine Sammelkotproben über drei Tage, eine frische Probe in einem Kotröhrchen genügt. Alle Informationen zur Einsendung, zum richtigen Gefäß und zum Versand findest du in meinem Artikel zur Kotprobe.

Kann ich meinen Befund selbst auswerten?

Lesen kannst du ihn, und dieser Artikel soll dir dabei helfen. Auswerten heißt aber, ihn mit allem zusammenzubringen, was zu deinem Hund gehört: Beschwerden, Futter, Medikamente, Blutwerte und Vorgeschichte. Genau das kann ein Befund allein nicht leisten. Lass dich deshalb von einzelnen Pfeilen nicht verrückt machen.

Ersetzt eine Kotflora-Analyse die tierärztliche Untersuchung bei Darmerkrankungen?

Nein, sie ist ein Baustein neben den Untersuchungen, die Tierärzte in der Praxis durchführen, dem Blutbild und der Parasitendiagnostik. Bei plötzlichen oder schweren Beschwerden geht der Weg immer zuerst in die Tierarztpraxis, denn eine diagnostische Abklärung kann nur dort stattfinden.

Kann eine Kotflora-Analyse Erreger nachweisen?

Die Anzucht zeigt, welche Bakterien in welcher Menge wachsen. Ob zusätzlich gezielt nach Erregern wie Salmonellen, Campylobacter oder dem Gift von C. perfringens gesucht wird, hängt vom Auftrag ab. Parasiten und Virusinfektionen werden mit eigenen Verfahren untersucht.

Wie oft sollte eine Kotflora-Analyse durchgeführt werden?

Bei einem beschwerdefreien Hund gibt es keinen festen Takt. Wenn ich einen Hund über Monate begleite, untersuche ich die Kotflora meist zweimal: am Anfang und nach Abschluss einer Phase, damit wir sehen, ob sich bewegt hat, was sich bewegen sollte.

Welche Erfahrungen gibt es mit Kotflora-Analysen?

In meiner Praxis ist die Kotflora-Analyse ein fester Baustein, aber nie der einzige. Meine Erfahrung ist: Sie ist dann hilfreich, wenn vorher klar ist, welche Frage sie beantworten soll, und wenn ihre Werte neben die Beschwerden gelegt werden. Ein Befund, der ohne Frage bestellt wurde, liefert oft viele Zahlen und wenig Richtung.

Wenn du keine gesundheitlichen Themen rund um deinen Hund mehr verpassen willst, trag dich hier für meinen Newsletter ein.

→ Jetzt Newsletter abonnieren

Du hältst einen Befund in der Hand und weißt nicht, wo du anfangen sollst? In einer kostenlosen Einschätzung sehen wir uns gemeinsam an, was dein Hund zeigt und was in seinem Befund steht. Anschließend klären wir, welche Frage als Nächstes beantwortet werden sollte.

Buche dir hier deine kostenlose Einschätzung

Quellen